低聚木糖是聚合糖类中增殖双歧杆菌功能*的品种之一，它的功效性是其他聚合糖类的近20倍，人体胃肠道内没有水解低聚木糖的酶，所以其可直接进入大肠内优先为双歧杆菌所利用，促进双歧杆菌增殖同时产生多种有机酸。

由于低聚木糖不会被消化酶所降解并可携带病原体通过肠道，因此可以起到防止病原菌定值肠道的作用。病原菌不能利用甘露低聚木糖作为供其生长的能量来源，而有益菌如乳酸杆菌和双歧杆菌等可以被甘露低聚木糖激活。故低聚木糖通过双歧杆菌等有益菌间接发挥作用。